Вставляем в index.php шаблона

// Убираем дубль index.php
if($_SERVER['REQUEST_URI'] == '/index.php') {
	header("Location: /",TRUE,301);
	exit();
}

Без слеша на конце

$myurl =  JUri::base(); 
if($_SERVER['REQUEST_URI'] == '/index.php') {
    header("Location: $myurl",TRUE,301);
    exit();
}