Вставлять по идее можно где угодно - выведется все равно в хейдере

$document = JFactory::getDocument();
$document
   ->addStyleSheet('/templates/'.$this->template.'/css/template.css')
   ->addStyleSheet('/templates/'.$this->template.'/css/menu.css')
   ->addScript('/templates/'.$this->template.'/js/menu.js');